450年前，试图主宰宇宙的哈迪斯大帝被幻影星纳伦击败，并被星阵封印。450年后的现代，为了复活哈迪斯，他的部下左拉博士派遣机动骑士和宇宙野兽攻击地球。幸运的是，与此同时，幻影神兽Rai Zero Shou也因此觉醒。原本普通的高中生，如就读于京南大学的伊田秀吉、小田裕加和黑贺信也，被召唤化身为幻影神战士，负责保护地球的神圣使命。一场星际战争让人类文明在遥远的星球上开花结果。在一个战乱的时代，涌现出无数英雄人物，让“勇气”、“智慧”、“仁爱”三股力量拯救地球！