故事的舞台是拥有发达互联网系统的城市“DEN CITY”。这里有一个名为“LINK VRAINS”的VR空间，由大型企业“SOL Technology Society”通过高度先进的网络技术打造。人们都热衷于在VR空间体验一场全新的决斗。然而，在“链接VRAINS”中，神秘的黑客组织“赫诺因骑士团”出现了，该组织利用决斗进行黑客活动。他们的目标是摧毁互联网上存在的“人工智能世界=电子世界”。然而，当世界受到这样的威胁时，一个决斗者站了起来。他的名字正是“Playmaker”。在那场传奇之战中，“游戏制造者”用压倒性的决斗击败了“赫诺因骑士团”，并成功捕获了“SOL技术协会”和“赫诺恩骑士团”都想收购的粉丝AI程序。他曾经拯救了世界，但突然消失了，他的名字瞬间在互联网世界中变得著名和传奇。现在，作为“游戏制造者”的主角，一位名叫藤木由作的高中生为了寻找过去事件的真相，对再次出现在“VRAINS”中的“赫诺因骑士”展开了追捕。以此为契机，命运的齿轮旋转。。。神秘AI的真实本质、“Henoine骑士团”瞄准“Link Vrans”的目的，以及隐藏在游泳过去的真相，都是“Link Vrains”中的答案